Ιδρύθηκε με το ΠΔ 459/87 (ΦΕΚ 215/8-12-1987) ως Κλινική Προπαιδευτικής Παθολογίας και μετονομάστηκε σε Β΄ Παθολογική Κλινική με την αριθ. Β1/349/22-8-1996 Υπουργική Απόφαση (Β΄ 792/29-8-1996)

Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας: ΥΑ Β1/12595/6-11-2007 (ΦΕΚ 2226/20-11-2007)

Τροποποίηση Εσωτερικού Κανονισμού με την αριθ. ΔΠΘ/ΔΔΚ/ΤΔΑ/29453/3880/406 31-8-2016 (3034/22-9-2016 Β’) Πράξη Πρύτανη

Η Κλινική εκπαιδεύει προπτυχιακούς φοιτητές του 3^ου, 4^ου και 6^ου  έτους, ενώ τα μέλη ΔΕΠ της συμμετέχουν στη διδασκαλία πολλών προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών. Τα μέλη της Κλινικής δραστηριοποιούνται συμμετέχοντας σε μεγάλο αριθμό ερευνητικών πρωτοκόλλων και κλινικών μελετών ενώ το συγγραφικό-ερευνητικό περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό δημοσιεύσεων, κυρίως στους τομείς του σακχαρώδους διαβήτη, των διαταραχών του μεταβολισμού, των λοιμώξεων και των παθήσεων του πεπτικού συστήματος.

Στο πλαίσιο της Κλινικής λειτουργεί Μονάδα Ειδικών Λοιμώξεων, θεσμοθετημένης ως κέντρο εξειδίκευσης «Λοιμωξιολογίας» και θεσμοθετημένο Διαβητολογικό Κέντρο. Εκτός από τα γενικά Παθολογικά ιατρεία λειτουργούν εξειδικευμένα ιατρεία (Λοιμώξεων, ΗIV, Διαβητολογικό, Παχυσαρκίας και Μεταβολικού συνδρόμου, Διαβητικού ποδιού, Διαβητολογικό μετάβασης εφήβων προς ενηλίκους). Επίσης λειτουργεί ειδικό Γαστρεντερολογικό-Ηπατολογικό ιατρείο ενώ παρέχεται στην Κλινική η δυνατότητα εκτέλεσης ποικίλων ενδοσκοπικών εξετάσεων και θεραπευτικών παρεμβάσεων. Οι εξειδικευμένες υπηρεσίες της Κλινικής παρέχονται σε μεγάλο αριθμό ασθενών όλης της υγειονομικής περιφέρειας.