Το γνωστικό αντικείμενο της Κλινικής Ανατομίας εξετάζει την Ανατομία σε συσχετισμό με την κλινική πράξη. Για το λόγο αυτό ονομάζεται και Λειτουργική ή Εφαρμοσμένη Ανατομία. Εξετάζεται μεγάλος αριθμός παθήσεων των οποίων η διαφορική διάγνωση στηρίζεται στην μορφολογία των ανατομικών στοιχείων.

Ενδεικτικά μερικά από τα θέματα είναι:

1) όρια περιοχών, οδηγά σημεία, επώδυνα σημεία, ευένδοτα σημεία,
2) προβολές σπλάγχνων, στοιχεία ακτινολογικής ανατομίας,
3) φυσιολογικές και παθολογικές καταστάσεις. διαφορική διάγνωση,
4) ιατρικές πράξεις: κλινική εξέταση, παρακεντήσεις, εγχύσεις (οσφυονωτιαία, ενδομυϊκή, ενδαρθρική),
5) τραυματικές καταστάσεις (τραυματισμοί, χειρουργεία),
6) ειδικές καταστάσεις (εγκυμοσύνη, συνουσία).
Η ύλη προσαρμόζεται και στα ενδιαφέροντα και τις απορίες των φοιτητών και περιλαμβάνεται στα συγγράμματα Ανατομίας.
Οι γνώσεις της ύλης των μαθημάτων Ανατομία Ι και ΙΙ θεωρούνται γνωστές.