Το μάθημα ΙΙ διδάσκει τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται για την θεραπεία των διαφόρων νοσημάτων κατά συστήματα, καθώς και τις αρχές της Θεραπευτικής. Συγκεκριμένα παρουσιάζονται τα φάρμακα και τα θεραπευτικά σχήματα που χρησιμοποιούνται σε νοσήματα του Καρδιαγγειακού Συστήματος, του Αναπνευστικού Συστήματος, του Γαστρεντερικού Συστήματος, του Ενδοκρινολογικού Συστήματος, του Αιμοποιητικού Συστήματος, και του Μυοσκελετικού Συστήματος. Επιπλέον διδάσκονται τα Αντιδιαβητικά, τα Αντιλιπιδαιμικά, τα Διουρητικά, τα Αντιβιοτικά, τα Αντιπαρασιτικά, τα Αντιϊκά, τα Αντιμυκητιασικά και τα Αντικαρκινικά φάρμακα. Τέλος παρουσιάζονται τα φάρμακα που επιδρούν στο Ανοσολογικό Σύστημα και οι σύγχρονες Βιολογικές Θεραπείες. Εκτός από τα θεωρητικά μαθήματα στο αμφιθέατρο που είναι προαιρετικά, οι φοιτητές χωρίζονται σε ομάδες των 20 ατόμων που σκοπό έχουν την πρακτική άσκηση. Η πρακτική άσκηση είναι υποχρεωτική και περιλαμβάνει φροντιστηριακά μαθήματα με θέματα: Αρχές Κλινικής Φαρμακολογίας, Εργαστηριακές ασκήσεις (π.χ. ELISA), Χρήση Η/Υ στην ανάπτυξη και χρήση των φαρμάκων, Αρχές και πρακτική εφαρμογή συνταγογράφησης. Κατά την διάρκεια των φροντιστηριακών μαθημάτων οι φοιτητές εκπονούν και παρουσιάζουν σχετικές εργασίες.