Το περιεχόμενο του μαθήματος διαρθρώνεται ως εξής:

Ταξινόμηση οργανικών ενώσεων, Ομόλογες σειρές, Αρωματικός χαρακτήρας, Στερεοχημεία – Ισομέρεια, Χημικοί δεσμοί και δυνάμεις μεταξύ ατόμων και μορίων, Παράγοντες που επηρεάζουν την ταχύτητα των χημικών αντιδράσεων, Φασματοσκοπικές μέθοδοι, Έννοιες Περιεκτικότητας και Μοριακότητας- Γραμμοϊσοδυνάμου, Διαλύματα, Οξέα-βάσεις, Διάσταση νερού, pH, Ρυθμιστικά διαλύματα, Θερμοδυναμική, Κινητική χημικών αντιδράσεων, Αμινοξέα και Πρωτεΐνες (Δομή και ιδιότητες, Πρωτοταγής, δευτεροταγής, τριτοταγής, τεταρτοταγής δομή, Πληροφορίες που μπορούμε να πάρουμε από τη δομή μιας πρωτεΐνης, Δυνάμεις που συμμετέχουν στη διαμόρφωση των δομών των πρωτεϊνών, Μετουσίωση πρωτεϊνών, Πειραματικός προσδιορισμός των δομών των πρωτεϊνών, Λειτουργία των πρωτεϊνών, Αιμοσφαιρίνη: Δομή και λειτουργία, Επίδραση 2,3-ΒPG. Φαινόμενο Bohr. Ακτίνη – μυοσίνη. Καθαρισμός και ταυτοποίηση πρωτεϊνών, Διαλυτότητα πρωτεϊνών, Χρωματογραφία-Ηλεκτροφόρηση, Ισοηλεκτρική εστίαση, Δισδιάστατη ηλεκτροφόρηση), Αντισώματα – Ανοσολογικές μέθοδοι (Πολυκλωνικά – Μονοκλωνικά αντισώματα, ELISA, Western blot, Φασματογραφία μάζας), Προσδιορισμός αμινοξικής σύστασης και αλληλουχίας αμινοξέων, Ειδική διάσπαση πολυπεπτιδίων και Διαχωρισμός πολυπεπτιδικών αλυσίδων, Σύνθεση πεπτιδίων, Καθαρισμός πρωτεϊνών, Ένζυμα (Χαρακτηριστικά ενζύμων, Ονοματολογία ενζύμων, Ενεργό κέντρο των ενζύμων, Κινητική Michaelis-Menten – KM, Vmax, Kcat/KM, Εξίσωση Lineweaver-Burk, Αντιδράσεις με πολλά υποστρώματα, Αλλοστερικά ένζυμα, Άλλοι παράγοντες που επηρεάζουν την ενζυμική δραστικότητα, Ενζυμική αναστολή, Μηχανισμοί ενζυμικής κατάλυσης, Ομοιοπολική κατάλυση, Γενική οξεοβασική κατάλυση, Κατάλυση με μεταλλικά ιόντα, Κατάλυση με προσέγγιση, Ρύθμιση ενζυμικής δραστικότητας, Διαμερισματοποίηση του κυττάρου, Πολυενζυμικά συστήματα, Πρωτεολυτική ενεργοποίηση, Ομοιοπολική μετατροπή, Ισοένζυμα), Βιταμίνες και συνένζυμα, Υδατάνθρακες (Μονοσακχαρίτες, Δισακχαρίτες, Πολυσακχαρίτες), Γλυκοζαμινογλυκάνες, Πρωτεογλυκάνες, Γλυκοπρωτεΐνες, Γλυκοσυλίωση πρωτεϊνών, Λιπίδια και βιολογικές μεμβράνες, Λιπαρά οξέα – Δομή και ιδιότητες, Τριακυλογλυκερόλες, Δομή μεμβρανικών λιπιδίων, Φωσφογλυκερίδια, σφιγγολιπίδια, γλυκολιπίδια, Στερόλες (Χοληστερόλη, Βιταμίνη D, Στεροειδείς ορμόνες), Εικοσανοειδή (Προσταγλανδίνες, Θρομβοξάνες, Λευκοτριένια), Κυτταρικές μεμβράνες, Μεμβρανικές πρωτεΐνες.