Η Ανατομία ΙΙ αποτελεί τη λογική συνέχεια της Ανατομίας Ι. Για το λόγο αυτό η ύλη της Ανατομίας Ι θεωρείται γνωστή.

Στην ύλη του μαθήματος Ανατομία ΙΙ περιλαμβάνονται:

α) Αναπνευστικό σύστημα,
β) Κυκλοφορικό σύστημα: καρδιά και αγγεία, λεμφικό σύστημα,
γ) Γαστρεντερικό σύστημα,
δ) Ουροποιητικό και γεννητικό σύστημα,
ε) Νευρικό σύστημα: ΚΝΣ, ΠΝΣ, ΑΝΣ,
στ) Αισθητήρια όργανα: ακοή, όραση, γεύση, όσφρηση, αφή.

Στην Ανατομία ΙΙ περιλαμβάνονται και τα υποχρεωτικά Εργαστήρια – Πτώμα που γίνονται σε κατάλληλα διαμορφωμένες και εξοπλισμένες αίθουσες του Εργαστηρίου Ανατομίας. Σε αυτά διδάσκονται θέματα όπως (ενδεικτικά): Μύες, τένοντες, σύνδεσμοι, αγγεία, νεύρα, ειδικές περιοχές (χώροι, τρίγωνα, βόθροι, θήκη κλπ). Τα εργαστήρια γίνονται σε πτωματικό υλικό.