Στο Τμήμα λειτουργούν μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών, τα οποία αναφέρονται αλφαβητικά παρακάτω  :

1. Αγγειακά Εγκεφαλικά Επεισόδια

2. Αγγειακές Προσπελάσεις σε ασθενείς με νεφρική ανεπάρκεια τελικού σταδίου

3. Ανθρώπινη Αναπαραγωγή

4. ΔΔΠΜΣ Βιο-ιατρικές και Μοριακές Επιστήμες και Διάγνωση και Θεραπεία Ασθενειών

5. ΔΠΜΣ Βλαστοκύτταρα και αναγεννητική ιατρική

6. ΔΠΜΣ Ιατρική Φυσική – Ακτινοφυσική

7. ΔΠΜΣ Λοιμώδη Νοσήματα – Διεθνής Ιατρική: Από το Εργαστήριο στην Πράξη

8. ΔΠΜΣ Νευροανοσολογία

9. ΔΔΠΜΣ Ρινολογία – Ρινοχειρουργική

10. ΔΠΜΣ Υγεία και περιβαλλοντικοί παράγοντες

11. ΔΠΜΣ Βιοιατρική Πληροφορική

12. Έρευνα και καινοτομια στις επιστημες Υγείας

13. Interinstitutional Postgraduate Program (MSc) entitled: «Biomedical and Molecular Sciences – Diagnosis and Treatment of Ηuman Diseases»

14. Ιατρική Απεικόνιση στην Οφθαλμολογία

15. Ιατρική του Ύπνου

16. Κλινική Φαρμακολογία – Θεραπευτική

17. Κλινική Χειρουργική Ανατομία

18. Κοινωνική Ψυχιατρική

19. Μεθοδολογία της σύγχρονης αντιμετώπισης της νεφρικής ανεπάρκειας

20. Μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών στη Βιοηθική

21. Προγεννητικός έλεγχος, Αντισύλληψη, Τοκετός

22. Πρωτοβάθμια φροντίδα Υγείας – Κοινωνική Ιατρική και Φαρμακευτική Φροντίδα

23. Πρωτοβάθμια Οφθαλμολογική Φροντίδα

24. Τρόφιμα, Διατροφή και Μικροβίωμα (MSc in FOOD, NUTRITION AND MICROBIOME)

25. Υγιεινή και ασφάλεια της εργασίας

26. Χειρουργική Ήπατος – Χοληφόρων – Παγκρέατος